연구인력개발비 세액공제 사전심사제도에 대해

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연구인력개발비 세액공제를 신청하기 전에 지출한 비용이 연구인력개발비에 해당하는지 여부를 미리 국세청장에게 심사해 줄 것을 요청할 수 있다. 이를 “연구인력개발비 세액공제 사전심사 제도” 라고 하며, 해당 제도를 통해 세액공제 대상 여부에 대해 다소 불확실했던 점들이 미리 해소될 수 있다는 이점이 있다.

해당 사전심사는 홈택스, 지방국세청 또는 세무서를 통해 신청이 가능하며 심사결과에 따라 법인세를 신고한 경우 신고 내용 확인 및 감면 사후관리 대상에서 제외되며, 이후 심사결과와 다르게 과세처분 되더라도 과소신고 가산세가 면제된다.

◆ 신청방법

법인세 신고 전까지 조기에 사전심사를 신청하면 되고, 신고 이후라도 경정청구, 수정신고 전까지 심사를 요청할 수 있다.

신청방법은 홈택스, 우편, 방문접수(세무서 민원봉사실, 지방청 법인세과)를 통해 신청할 수 있으며, 홈택스로 신청할 경우 진행상황 등에 대해 미리 확인할 수 있다.

제출서류는 연구인력개발비 사전심사 신청서, 연구개발비 명세서 및 보고서, 기타 공제 대상임을 입증할 수 있는 서류(연구노트, 연구원 급여 대장, 재료비 내역 등)를 제출해야 한다.

◆ 심사 내용

사전심사 신청이 완료되면, 조세특례제한법에 따른 연구개발에 해당하는지 여부 대한 심사 및 지출한 비용의 적정성에 대한 심사를 진행한다. 이때 세부과제 별로 여러 번 신청할 수 있고, 연구개발활동 여부 심사만 신청할 수도 있다. 다만 이미 세액공제를 신청하였거나 정당한 사유 없이 자료 제출을 거부할 경우에는 심사에서 제외될 수 있으니 주의가 필요하다. 또한 올해부터는 세무대리인에게도 심사의 결과를 통지하게 되므로, 신속하게 사전심사 결과를 신고 시에 반영할 수 있다.

위 연구인력개발 세액공제 적용을 위한 사전심사제도는 전담팀으로부터 세액공제 요건 구비를 위한 컨설팅을 받을 수 있고 결과에 대한 설명 및 보완사항 등을 전달받을 수 있기에 향후 발생할 수 있는 세무상 위험을 줄이는 혜택이 있다. 또한 연구인력개발비 세액공제 적용을 위한 “사전심사 우선처리 서비스”도 확대 도입되어, 미래성장 세정지원 기업 뿐 아니라 혁신성장유형 벤처기업 확인 목적 및 신성장원천기술 관련 심사 신청까지 우선적으로 사전심사대상에 포함되는 것으로 적용되었다. 우선처리 지원대상의 경우 접수 이후 14일 경과 시 진행상황을 전화로 안내 받을 수 있고 이메일 등으로 결과 통지서를 미리 받아볼 수 있다.

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